Theo thỏa thuận đào tạo giữa Đại học FPT và Đại học Shinshu, hai trường sẽ tiến hành trao đổi giảng viên, sinh viên và nghiên cứu sinh; cùng lên kế hoạch và thực hiện các dự án nghiên cứu; chia sẻ thông tin về chương trình đào tạo; cùng tham gia các buổi hội nghị, hội thảo chuyên đề. Sinh viên tham gia chương trình trao đổi sinh viên có thể đăng ký bất kỳ các khóa học hiện có tại Đại học Shinshu (có thể lựa chọn khóa học tiếng Nhật chuyên sâu để nâng cao khả năng ngoại ngữ, hoặc các khóa học chuyên ngành trong lĩnh vực CNTT) trong thời gian từ 6 tháng – 1 năm. Sinh viên sẽ được miễn hoàn toàn phí nhập học và học phí tại ĐH Shinshu. Dự kiến mỗi năm sẽ có trung bình 2 sinh viên ĐH FPT tham gia chương trình này.

Trong khi đó, chương trình hợp tác với trường ĐH Aizu tập trung vào việc trao đổi chương trình đào tạo, và giảng viên (cùng tham gia giảng dạy, nghiên cứu khoa học, tham dự các buổi hội thảo, các chương trình giao lưu văn hóa…). Chương trình trao đổi sinh viên cũng được hai trường thảo luận để xúc tiến triển khai trong thời gian tới.

Cho đến nay, trường Đại học FPT đã có thỏa thuận hợp tác quốc tế với 9 trường Đại học trên thế giới, trong đó có 4 trường đến từ Nhật Bản. Tiêu biểu có thể kể đến chương trình hợp tác với trường Đại học Canergie Mellon (Hoa Kỳ) – trường Đại học được xếp hạng thứ 2 trên thế giới về đào tạo CNTT, chương trình trao đổi sinh viên với Đại học Công nghệ Kyushu (Nhật Bản), Đại học Hoschule Furtwangen (Đức).